Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου του Οργανισμού συστάθηκε σύμφωνα με τις πρόνοιες του Άρθρου 58, του Περί Επαρχιακών Οργανισμών Αυτοδιοίκησης Νόμου Ν. 37(Ι)/2022 και αναφέρεται στο Διοικητικό Συμβούλιο μέσω της Επιτροπής Ελέγχου.
Αποτελεί μία ανεξάρτητη, αντικειμενική, διαβεβαιωτική και συμβουλευτική δραστηριότητα, σχεδιασμένη να προσθέτει αξία, βελτιώνοντας τις λειτουργίες του Οργανισμού, υιοθετώντας μία συστηματική και επαγγελματική προσέγγιση στην αξιολόγηση και βελτίωση της αποτελεσματικότητας των διαδικασιών διαχείρισης κινδύνων, των συστημάτων εσωτερικού ελέγχου και δημόσιας διακυβέρνησης.
Απώτερος στόχος της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου είναι η διασφάλιση της αποδοτικής, οικονομικής και αποτελεσματικής διαχείρισης των δραστηριοτήτων του ΕΟΑ Λεμεσού, η χρηστή χρηματοοικονομική διοίκηση και το καλώς νοούμενο δημόσιο συμφέρον, υποβάλλοντας εισηγήσεις προς βελτίωση των λειτουργιών του Οργανισμού. Σημαντικές θεωρούνται επίσης, οι διαβεβαιώσεις συμμόρφωσης του ΕΟΑ Λεμεσού με τους νόμους και τους κανονισμούς που διέπουν την λειτουργία του καθώς και η αξιολόγηση κατά πόσoν η απόδοση ευθυγραμμίζεται με τους στρατηγικούς στόχους του Οργανισμού.
Για την διεξαγωγή των ελεγκτικών εργασιών ακολουθούνται τα Παγκόσμια Πρότυπα Εσωτερικού Ελέγχου (ISPPIA 2024), εφαρμόζοντας δομημένη μεθοδολογία σχεδιασμού και εκτέλεσης ελέγχων. Η Μονάδα διεξάγει προγραμματισμένους ελέγχους στους οποίους περιλαμβάνονται, οικονομικοί, λειτουργικοί και έλεγχοι συμμόρφωσης με την νομοθεσία, καθώς και έκτακτες ειδικές έρευνες όταν αυτό απαιτείται.